Das Kloster St. Agnes wurde 1963 von der Nationalgalerie erworben und anschließend einer letzten Restaurierungsphase unterzogen. Im ersten Stock befindet sich die Dauerausstellung zur mittelalterlichen Kunst in Böhmen und Mitteleuropa 1200-1550, im Erdgeschoss die neue Besichtigungstour, die der Geschichte des Doppelklosters und seines Gründers gewidmet ist. Beide Klostergärten sind ganzjährig und kostenlos zugänglich und bieten einen Rundgang durch die Klosterarchitektur und Skulpturen führender tschechischer Künstler.
Das Kloster wurde wahrscheinlich 1231 von Agnes von Böhmen, der jüngsten Tochter des böhmischen Königs Přemysl Ottokar I. und der Přemyslidenfürstin, gegründet. Sie war der erste gotische Bau in Prag und ein wichtiges geistliches Zentrum. Obwohl Agnes zu Lebzeiten wie eine Heilige verehrt wurde, wurde sie erst am 12. November 1989 heiliggesprochen. Bedeutende tschechische Könige und Königinnen sind im Kloster begraben.