Le départ et l'arrivée de cette course, classée parmi les dix meilleurs marathons du monde, sont situés sur la Place de la Vieille Ville dans le centre historique de Prague. Sur les premiers mètres du marathon, la Vltava, poème symphonique du compositeur Smetana, accompagne les coureurs qui vivent alors un moment inoubliable, plus de vingt groupes de musique se produisent sur tout le tracé de la course.
Le Marathon Prague comprend d'autres événements parallèles, notamment le Marathon Music Festival, le salon des sports Sport Expo ou encore le Minimarathon familial. Il mesure exactement un dixième de la longueur de la course principale, c'est-à-dire 4,2 km, il convient à tous ceux qui veulent participer à cet événement, mais qui n'ose pas se lancer sur la distance du marathon.